Лицей имени Г.Ф. Атякшева получил свой статус в 1999 г.
Основой для лицея стала Комсомольская средняя специализированная по основам информатики общеобразовательная школа №1, которая была введена в действие 4 февраля 1974 г.
С 1976 года школа начала выстраивать линию ранней профилизации по информатике и вычислительной технике: в 1976 г. через экскурсии в вычислительный центр предприятия «Тюментрансгаз» и подготовку операторов на его базе; с 1987 г. - осуществление профподготовки в 9-10 классах; 1984 г. - оборудование вычислительного центра в школе, проведение учителями информатики лекторской работы на всех ступенях обучения школы; 1987-88 г. - информатика с 7-го класса; 1989 г. - присвоение школе статуса школы с углубленным изучением математики и информатики, изучение информатики с 1-го класса; 1993 г. - получение учащимися школы профподготовки на уровне начального и среднего профессионального образования с получением удостоверения о специальности «Оператор ПЭВМ», «Оператор ПЭВМ (программист)»; с 1992 года - введение экономической линии дополнительного образования: менеджмент, эффективные коммуникации, деловой этикет, основы экономики и бухучет на ЭВМ, иностранный (английский, немецкий) язык деловой коммуникации.
9 октября 1990 г. на основании Положения об экспериментальной площадке, утвержденного Госкомитетом СССР по народному образованию, и на основании заключения экспертизы Ханты-Мансийского автономного окружного института усовершенствования учителей школе был придан статус экспериментальной площадки, утвержденный приказом Главного управления народного образования Тюменского облисполкома «О создании экспериментальной площадки на базе Комсомольской средней специализированной по основам информатики школы №1 Советского района Ханты-Мансийского автономного округа».
В 1991 г., развиваясь далее в этом направлении, школа была перерегистрирована как школа-лицей в связи с наличием ранней профилизации (информатика с 1-го по 11 классы, с получением свидетельства государственного образца о получении начального профессионального образования), повышенного уровня образования (углубленного изучения математики и информатики) и инновационной деятельности педагогического коллектива школы. В 1994 г. школе-лицею в результате аттестации была присвоена высшая категория.
В марте 1999 г., после ухода из жизни ее первого директора, Георгия Федоровича Атякшева, решением городской Думы и Главы администрации г. Югорска школе-лицею было присвоено его имя.